Larangan mudik juga diterapkan pada moda transportasi laut.

Meski demikian, pemerintah akan tetap menyediakan layanan kapal laut bagi pekerja migran Indonesia yang dalam kondisi mendesak untuk kembali ke tanah air.

Adapun kapal penumpang yang dikecualikan dalam periode pelarangan mudik, sebagai berikut:

1. Kapal penumpang yang melayani pemulangan tenaga kerja Indonesia, pekerja migran Indonesia, dan/atau WNI yang terlantar dari pelabuhan negara perbatasan

2. Kapal penumpang yang melayani pemulangan anak buah kapal WNI yang bekerja di kapal niaga/kapal pesiar yang dioperasikan perusahaan asing

3. Kapal penumpang yang melayani transportasi rutin untuk pelayaran lokasi terbatas dalam satu kecamatan, satu kabupaten, atau satu provinsi dengan ketentuan dan persyaratan pelayaran dilakukan antarpulau atau pelabuhan dalam wilayah tersebut 4.

4. Kapal penumpang yang melayani transportasi antar pulau khusus bagi TNI, Polri, ASN, dan tenaga medis yang sedang dalam melaksanakan tugas

5. Kapal penumpang yang melayani transportasi rutin untuk pelayaran di daerah Perintis dan daerah tertinggal, terpencil, terluar, dan perbatasan

6. Kapal penumpang dapat diizinkan beroperasi untuk mengangkut logistik yang meliputi barang pokok dan penting, obat-obatan dan peralatan medis, serta barang esensial lainnya yang dibutuhkan daerah dalam hal jumlah kapal kargo yang melayani suatu daerah tidak mencukupi.

Ada sanksi tegas untuk operator yang melanggar berupa tidak diberikan pelayanan di pelabuhan, pencabutan izin SIUPAL, atau sesuai dengan peraturan perundang-undangan.

Transportasi udara

Larangan sementara penggunaan transportasi udara, berlaku untuk angkutan udara niaga dan angkutan udara bukan niaga.

Sementara, badan usaha udara yang akan melakukan yang dikecualikan dapat menggunakan izin rute eksisting atau menggunakan pengajuan flight approval (FA) kepada Ditjen Perhubungan Udara seperti dikutip dari Kompas.com dengan judul "Berlaku 6 Mei, Ini Aturan Larangan Mudik Lebaran 2021".

Adapun penerbangan yang dikecualikan dari larangan sementara, yaitu:

1. Penerbangan yang mengangkut pimpinan lembaga tinggi negara RI dan tamu kenegaraan